El plan de inversiones en curso se está  gestionando por la administración de la Comunidad de Calatayud, que está realizando diversas actuaciones en los templos de San Andrés de Calatayud, Santa Justa de Maluenda, San Miguel de Belmonte, la Asunción de Embid de Aríza y Santiago en Orera. Las interveciones se están dirigiendo a la mejora del equipamiento de estos templos en algún elemento que se considere importante o urgente, y que no haya sido contemplado en los planes de restauración realizados o pendientes de  realizar por otras instituciones públicas.
Dentro de este marco de colaboración la Iglesia de las Santas Justa y Rufína en la localidad de Maluenda ha sido objeto de varias intervenciones por parte de la Comarca. En primer lugar se ha recuperado la cripta, un singular espacio que se encontraba en un lamentable estado de abandono y que ha sido rehabilitado íntegramente, respetando los enterramientos ya existentes y dejando visible el peculiar osario que alberga en su interior. La segunda intervención ha sido el cerramiento con celosias de las 72 ventanas que rodean perimetralmente el edifico y que hasta el momento facilitaban el acceso a las palomas, generando éstas numerosos problemas. La tercera intervención ha sido realizada en la sacristía, rehabilitando este espacio, que en un futuro pretende albergar muestras de pintura de autores aragoneses de los siglos XVI al XVIII.
Estas intervenciones de la Comarca complementan las ya realizadas por el Gobierno de Aragón en uno de los espacios mudéjares con más personalidad de la Comarca de la Comunidad de Calatayud.
El pasado 9 de Noviembre, La Presidenta de la Comarca de la Comunidad de Calatayud Mª del Carmen Herrero, visitó las obras que desde la institución Comarcal se están impulsando en este edificio y pudo comprobar el resultado final de las mismas.